O doxygen é um sistema de documentação para C++, C, Java, IDL e PHP. Ele pode gerar uma documentação online (em HTML) e/ou um manual de referência offline a partir de um conjunto de arquivos de código documentados. Também há suporte para gerar saídas em RTF (MS-Word), PostScript, PDF com links, HTML compactado e páginas man do Unix. A documentação é extraída diretamente dos fontes, o que facilita muito a manutenção da documentação em sincronia com o código fonte. O doxygen  também pode ser configurado para extrair a estrutura do código de arquivos de código não documentados. Isso é muito útil para encontrar rapidamente sua forma em grandes distribuições de código. 